1、申请中央财政补助资金的对象包括：(1)农户(包括联户)。(2)农民用水户协会或其他农民专业合作经济组织。(3)村组集体。
2、申请对象向县级水利、财政部门申请项目时，应报送的文件材料包括：(1)农户的基本情况、农民用水户协会或其他农民专业合作经济组织的基本资料； (2)项目建设方案、资金筹措(含投劳)方案和建成后管护方案、用水分配方案，用水合作组织组建方案及村民有关决议材料。
3、县级水利部门会同财政部门，对农户、农民用水户协会或其他农民专业合作经济组织和村组集体的项目申请按以下原则进行审查：(1)农户自愿的原则；(2)因地制宜的原则；(3)按规划实施的原则。
4、省级财政、水利部门对《农业财政专项资金(水利)管理标准文本》、《小型农田水利项目可行性研究报告》进行审查，并对项目审查结论负责。经审查合格后，按财政部、水利部审定的资金控制额度，按照下列条件，等额编制省级年度项目申请计划，联合上报财政部和水利部。
(1)粮食主产区或重点商品粮基地的项目优先；
(2)有一定筹资筹劳能力、管理能力较强、已在民政部门或工商等部门注册登记的农民用水户协会、农民专业合作经济组织申报的项目优先；
(3)通过“一事一议”或民主议事形式选定的项目优先。
5、财政部、水利部对各省申请的项目报告及《农业财政专项资金(水利)管理标准文本》、《小型农田水利项目可行性研究报告》进行合规性审查，批复下达年度补助资金。具体年度项目计划由省级水利、财政部门批复下达。
6、资金使用与管理
（1）中央财政对各省项目实行差别比例补助，东部地区补助比例为项目总投资的15％，中西部地区及粮食主产区补助比例为项目总投资的30％。
（2）中央补助资金由财政部下达省级财政部门，并抄送省级水利部门。省级财政部门按照规定的预算级次和程序下达资金，并抄送同级水利部门。
（3）中央补助资金原则上与各地安排的补助资金一并直接补助到实施项目的农户、农民用水户协会或其他专业合作组织和村组集体，具体形式视当地实际情况而定。资金管理实行县级财政报账制。
（4）各级财政、水利部门要加强监督检查。县级水利、财政部门应将年度实施项目情况在当地主要媒体公示，资金的使用情况要向受益区农民张榜公布，接受群众监督，严禁截留、挤占和挪用，确保资金发挥效益。
（5）在小型农田水利专项资金管理过程中，对违反本办法行为的，依照《财政违法行为处罚处分条例》(国务院令第427号)给予处理、处罚、处分。